Sau giờ học, câu chuyện xoay quanh nhóm bạn trẻ với những bí mật kỳ bí và huyền bí tại trường trung học Kamome. Hanako-kun, một linh hồn của con người đã qua đời, được biết đến là thần trong lớp học và có khả năng giúp đỡ những sinh linh gặp khó khăn. Cùng với cô bạn Yashiro Nene, họ phải đối mặt với các sự kiện siêu nhiên và giải quyết những vấn đề tâm linh của các học sinh khác. Tuy mang dáng dấp dễ thương nhưng Houkago Shounen Hanako-kun lại chứa đựng nhiều bí ẩn và điểm uẩn mà cả hai phải khám phá và vượt qua. Đồng thời, câu chuyện cũng là cuộc phiêu lưu tinh thần để hiểu rõ hơn về bản chất con người và tình bạn.