Trong mùa 2 của Lớp Học Điệp Viên, câu chuyện tiếp tục xoay quanh nhóm học sinh lớp 3-E đầy tài năng và sự xuất sắc trong việc thực hiện các nhiệm vụ điệp viên. Với sự hướng dẫn của giáo viên Koro-sensei, học sinh đã phải đối mặt với những thử thách mới, từ việc chiến đấu với các kẻ thù nguy hiểm cho đến giải quyết các bí ẩn khó hiểu. Mỗi tập phim là một cuộc phiêu lưu mới, nơi khán giả được chứng kiến sự phát triển không ngừng của các nhân vật cũng như những bí mật được hé lộ từ quá khứ của Koro-sensei. Với sự kết hợp giữa yếu tố hài hước, hồi hộp và xúc động, Lớp Học Điệp Viên Mùa 2 chắc chắn sẽ mang lại cho khán giả những trải nghiệm thú vị và đáng nhớ.